为了主动遵循高等教育发展规律、积极适应教育改革发展趋势，不断提升人才培养质量，根据2009年度学校工作计划和本科教学计划安排，我校于2009-2010学年起开设“初民”试验班，成立初民学院，探索“跨学科综合教育，宽口径专业交叉”的人才培养模式。
2009年，我院最先设立文科试验班（汉语言文学+历史学+哲学）和理科试验班（数学+经济学+管理学），计划招生100人，学校成立了领导组、教学指导组、初民学院三级管理机构，分别负责试验班工作的整体规划与统筹协调、教学计划制定与教学质量监控、教学日常运行与学生管理。其中，初民学院由教务处和学生工作部相关管理人员组成。
2013年，初民学院被学校正式设立为具有独立编制的实体性学院，领导班子和工作人员全部配齐，共有教职工5名。
2014年，理科试验班转入经济与管理学院招生，初民学院主办文科试验班。
2017年，学校成立教辅党委，同时撤销初民学院党委，初民学院教工党支部隶属教辅党委管理。
2019年，学院在大量调研和充分论证的基础上，先行先试，增设了生化试验班（简称理科试验班，应用化学+生物科学）和大数据金融试验班（简称工科试验班，金融学+数据科学与大数据技术）。至此，我院形成了文、理、工全面覆盖的专业交叉模式，每年计划招生约160人。
2023年，学院由文瀛楼搬迁至原生科楼三层，增设了政经哲试验班（PPE），开启了交叉专业建设的新探索。